Honaz’ın tarihçesi çok eski zamanlara dayanmaktadır. Verimli toprakları, ekonomik zenginlik gösteren iklimi, yeraltı zenginlikleri, jeolojik yapısı; Honaz’ın diğer Ege toprakları gibi çok eski medeniyetlere ev sahipliği yapmasında en büyük etkendir. Ve yine Honaz’ın Frigia ile Karia bölgelerini ayırması, savunmaya elverişli bir konumda olması; bütün medeniyetlerin dikkatini Honaz’a çevirmesine neden olmuştur. Frigia, Lidya, Helenizm, Bergama, Roma, Bizans, Selçuklu, Osmanlı kültür ve tarihinin izlerini taşımaktadır.
Honaz’ın kimler tarafından ve hangi dönemlerde kurulduğu kesin olarak bilinmemektedir. Ancak İonlular zamanında Helenler tarafından kurulduğu kabul edilmektedir. Honaz’ın şimdiki yerinde Bizans, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerinde varlığını sürdüren Khonae ( daha sonraları Khonos, Honas ) bulunur. Khonae’den önce ise bugünkü Honaz’ın 3 km kuzeyinde tarihi Lykos ( Çürüksu ) Çayı kenarında kurulan Colossae yer almaktadır. İ.Ö 21. ve 19 y.y arasında Balkanlardan gelen akınlar nedeniyle More ve Makedonya Yarımadasından Anadolu’ya geçmek zorunda kalan Helenler; Denizli yakınlarında Laodikia, Honaz Dağı yakınlarında da Colossae şehrini kurmuşlardır. İlk şehir Honaz Dağı’nın 3 km kadar kuzeyinde yer almış; ancak şehrin ard arda yaşadığı depremler sonucu yeri değişmiştir.
Colossae’nın tarihi İ.Ö 5. y.y dayanmaktadır. Başlangıçta bir Frigia şehri olan Colossae, zaman içinde Grek şehri olmuştur. İ.S 7. y.y gelindiğinde tüm Anadolu şehirlerinde olduğu gibi Colossae da arap akınlarıyla karşı karşıya kalmıştır. Savunma bakımından daha elverişli olan Colossae’nin 3 km güneyinde Honaz Dağı’nın ucunda yer alan, Khonae; bu dönemde antik Colossae’nin yerini almıştır. 7.yy. da kurulan, 858–860 yılları arasında "BAŞPİSKOPOSLUK" ünvanı alan Khonae, 950 yılında "METROPOLİS" olmuştur. Böylece Khonae, Anadolu’nun en önemli dini ve idari merkezlerinden biri haline gelmiştir. Antik çağda Yunanlıların bir kolonisi iken, önce Selevkos, sonra da Bergama Krallığı’nın yönetimine girmiş, arkasından, Roma ve Bizans İmparatorlukları’nın egemenliğine geçmiştir. Batı Anadolu’da özellikle Menderes vadisi boyundaki şehirler, Anadolu’nun içlerine uzanan yolların üzerinde bulundukları için çok önemliydiler. Bu yolların çok işlek olması Colossae gibi şehirlerin, ekonomik, idari, kültürel ve dini açıdan önemini arttırmıştır.
Bizans döneminde, Anadolu’nun bütün yollarının İstanbul’a yönelmesi; Menderes şehirlerinin, özellikle Efes ve Colossae’nin gerilemesine neden olmuş ve halk da çevreye dağılmıştır. Bu dönemde savunmaya elverişli konumuyla şimdiki Honaz’ın bulunduğu bölge rağbet görmüş, buradaki kale gelişmiştir.
Khonae adlı yeni şehir; verimli toprakları, savunmaya elverişli konumuyla dikkat çekiyor, kendi halkının ve çevre halkın tarım ihtiyaçlarını gideriyordu. Khonae, W.M Ramsay’e göre; " güneyinde Yatağan civarından geçen bir yolla Antalya ile bağlantısı olması ile, Menderes boyunca hâkim olduğu yol ile ve savunmaya elverişli konumuyla Colossae’nın tahtını elinden almıştır.
Adı İncil’de geçen, Hristiyanlığın önemli merkezlerinden biri olan Colossae’nin, erken hristiyanlık devrindeki önemini Khonae, devam ettirmiştir. Ve Khonae da Anadolu’nun önemli dini merkezlerinden biri haline gelmiştir. Uzun süre Bizans sınırları içinde yer alan Khonae, 1077 yılında Büyük Selçuklu Hükümdarı Alparslan’ın komutanlarından Afşin Bey’in Anadolu seferi sırasında ilk kez Türklerin eline geçmiştir. Fakat daha sonraları Khonae, özellikle haçlı seferleri sırasında birkaç kez Türkler ve Bizanslılar arasında el değiştirmiştir. 1207 yılında kesin olarak Türklerin idaresine geçmiştir. Bu dönemdeki vilayetlerden kesin olarak anlaşılıyor ki; Menderes çevresindeki en önemli şehir Honas’dır. Yine bu dönemde Honaz eyalet merkezi olmuş, ona birçok vilayet bağlanmış ve yarım yüzyıl önemini devam ettirmiştir. Honas, verimli toprakları, konumu, savunma imkânları, kalabalık nüfusu ile Anadolu’nun bu dönemde yıldızı parlayan şehirlerindendir. Yani Bizans’ın şehir özelliklerini tam olarak taşıyan Honas; Geç Bizans Döneminde merkezi eyalet olacak, daha sonraları da Bizans’ın rum nüfusunu barındırarak önemini yarım yüzyıl daha devam ettirecektir.
Honas’ın Osmanlı topraklarına katılma süreci 1391 yılında başlamıştır. Yıldırım Beyazıt Denizli ve yöresini Osmanlı Devleti’ne katmıştır. Honaz 1403 de Timur’un Denizli’yi almasıyla Osmanlı Devleti’nin elinden çıktıysa da 1429 yılında tekrar Osmanlı idaresine geçmiştir. Ne yazık ki eski çağ kalıntıları yanında orta çağ Selçuklu ve yeniçağ Osmanlı uygarlığından çok az eser görmekteyiz. Bu da gösteriyor ki; Honaz eski çağda büyük uygarlık göçlerine ve birçok milletin bu topraklar üzerinden gelip geçmesine imkân sağlamıştır.
19.yy gelindiğinde Osmanlı Devleti’nin yaşadığı değişim rüzgârlarından doğal olarak Honaz da etkilenmiştir. Tanzimattan sonra idari değişiklikte Honaz, Aydın eyaletine bağlı Denizli sancağının bir nahiyesi olmuştur. Honaz’ın Hisar Mahallesi’nde oturan Yunanlılar Cumhuriyet Dönemi’nde 1924 yılında yapılan bir anlaşma ile Memleketlerine gönderilmiş, yerlerine Batı Trakya Türkleri yerleştirilmiştir.
Honaz’da idari bakımdan köklü değişiklik 20. yy başlarında gerçekleştirilmiştir. 1914 yılında belediyenin kurulmasıyla resmi hizmetler de artmaya başlamıştır. 1987 yılına kadar Denizli İline bağlı bir nahiye olan Honaz, 19.06.1987 tarih ve 3392 sayılı kanunla ilçe statüsüne kavuşmuştur. 10.08.1988 de kaymakamın göreve başlamasıyla fiilen faaliyete geçmiştir. Bugün ilçemizde, devlet daireleri Hükümet Konağı binasında hizmet vermektedir. Honaz ismi hakkında çeşitli rivayetler vardır. Bunlardan bir tanesi Evliya Çelebi’nin Seyahatnamesi’de geçmektedir. Seyahatnamesi’nde Honaz’a geniş yer veren Evliya Çelebi, Honaz ve Honaz Kalesi hakkında der ki; " bu Kale, Rum Kayserleri Oğullarından Honas adlı melik tarafından yaptırılmıştır." Buna göre ilk adını bu melikten almıştır.
Başka bir rivayete göre ise; Honaz ismini sırtını dayadığı Honaz Dağı’ndan almıştır. Önceleri Khonae, Khonos, Honasen, Honeos adlarıyla kayıtlara geçmiştir. Daha sonraları Türkçeleştirilerek Honas olduysa da zamanla Honaz olarak söylenmiştir. Diğer bir rivayete göre; Honaz’ın kelime anlamı erken olgunlaşan kirazdır. Honaz ve Honaz Ovası tarihte ve günümüzde kirazı ile ünlüdür. Bundan dolayı Honaz adının ürettiği kirazdan geldiği rivayet edilmektedir.